Em meados de 1990, os irmãos Godfrey (o DJ Paul Godfrey e o multi-instrumentista Ross Godfrey) conheceram Skye Edwards em uma festa de música house. Eles a chamaram para ser a vocalista da banda, e isso levou à formação do Morcheeba.
O álbum de estréia da banda, Who Can You Trust?, foi lançado pela China Records em abril de 1996 e encaixou-se dentro da tendência trip-hop que predominava a época, com os instrumentais baseados predominantemente por guitarras, piano Rhodes e scratching, tendo as canções conduzidas pelos vocais soul e relaxados de Edwards.
O trabalho seguinte, Big Calm, de 1998, investe no dub, no soul, no hip hop e no psicodélico, enquanto seu predecessor era mais eletrônico. A banda regravou “Moog Island” (faixa do álbum anterior), apresentando um estilo mais upbeat. A faixa foi relançada com o título de “The Music That We Hear”.
Um dos singles do segundo álbum, The Sea, tornou-se um hit entre as rádios. O álbum mostrou ter um grande potencial de vendas e assegurou o sucesso e reconhecimento do Morcheeba. Em 1998, a banda colaborou com Hubert Laws na gravação da coletânea "Red Hot + Rhaspodsy", um tributo a George Gershwin, que havia arrecadado fundos para várias instituições de caridade dedicadas a ajudar a combater a AIDS e aumentar a consciência das pessoas em relação à doença.
Em 2000, Morcheeba lançou seu terceiro álbum, Fragments Of Freedom. O álbum repetiu o sucesso de vendas de Big Calm, mas recebeu menos críticas positivas. O quarto álbum da banda, Charango, foi lançado em 2002 e gerou diversos singles, incluindo "Otherwise", "Way Beyond" e "Undress Me Now" (este single foi cancelado, apesar de um caro vídeo clipe balinês-erótico ter sido produzido). Indicando os futuros rumos da banda, diversas faixas do álbum não contam com o vocal de Edwards, sendo escritas e cantadas por Kurt Wagner, Pace Won e Slick Rick.
Em 2003, os irmãos Godfrey demitiram Edwards da banda, citando diferenças musicais e pessoais. Uma coletânea com os maiores hits, Parts Of The Process, ajudou a banda a manter-se em evidência e apresentava duas novas faixas – “What’s Your Name” (com a participação de Big Daddy Kane) e “I Can’t Stand It”. Na mesma época, Morcheeba lançou o DVD ao vivo "Morcheeba: From Brixtom to Beijing".
Em 2005 Morcheeba lançou seu quinto álbum de estúdio (o primeiro pós-Skye Edwards), The Antidote. Daisy Martney (ex-vocalista da banda Noonday Underground) foi chamada para substituir Edwards como a vocalista do álbum. Entretanto, o período de Martney na Banda foi breve e ela foi despedida no meio da tour promocional do álbum, sendo substituída por Jody Sternberg. A permanência de Sternberg na banda foi igualmente breve, já que ela havia sido contratada apenas para ajudar com a divulgação na banda na tour.
Depois de alguns anos sem nenhum material inédito, Morcheeba lançou seu sexto álbum, Dive Deep, em fevereiro de 2008. Neste álbum, os irmãos Godfrey deram ênfase aos seus papéis como produtores, criando um set de faixas instrumentais inteiramente cantadas por uma lista de músicos convidados – a cultuada cantora folk-rock Judie Tzuke, o cantor e compositor norueguês Thomas Dybdahl, o cantor de blues de guitarrista Bradley Burguess, o rapper Cool Calm Pete, e a cantora francesa Manda Zamolo. Manda e Burguess embarcaram com o Morcheeba como vocalistas principais na turnê de 2008.
Em fevereiro de 2010, NME revelou que Edwards estava novamente trabalhando com a banda. Edwards estava com seu retorno aos palcos com o Morcheeba marcado no Caprices Festival, na Suíça em abril de 2010. Paul Godfrey confirmou o retorno de Edwards na banda através do MySpace em 13 de fevereiro de 2010.
Morcheeba lançou seu sétimo álbum, "Blood Like Lemonade", através da gravadora PIAS em junho de 2010.
